Über Atlantis bricht ein Schiff der Wraith aus dem Hyperraum und sendet eine bruchstückhafte Hilfenachricht. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team unternehmen eine Expedition zum Schiff ihrer Erzfeinde, trotzdem sie damit rechnen müssen, in eine Falle zu tappen. Auf dem Schiff finden sie eine Nachricht ihres Widersachers Todd, in der er von einer Infektion seiner Crew berichtet und um Hilfe bittet. Als der Ernst der Lage erkannt wird, beschließt man, den Wraith zu helfen. Denn nicht nur die Besatzung ist infiziert, sondern auch das Schiff selbst. Auf einmal besteht für alle Gefahr.